Estamos em Romdo, o último paraíso existente no planeta, um reduto de civilização num mundo com o meio-ambiente arrasado. Um lugar bonito, onde tudo funciona como um relógio, mas monótono, sem alegria ou emoção. Neste ambiente os humanos são educados desde cedo para se tornarem bons cidadãos, obedientes e comportados, sempre comprando coisas e com os sentimentos reprimidos e constantemente monitorados por um sistema central e automatizado, o qual mantém a existência humana viável dentro de Romdo.

Os seres humanos são acompanhados por autoreivs, andróides programados para se adequarem à mentalidade e necessidade de seu mestre. O surgimento de um vírus de computador chamado Cogito causa uma tremenda comoção na cidade, fazendo com que os autoreivs por ele infectados despertem, ganhem consciência e não dependam mais de controle humano. Cidadãos começam a ser assassinados pelas máquinas, e a Inspetora Real Mayer fica encarregada da investigação destes casos.

Filha da elite de Romdo, Re-l sempre se sentiu deslocada neste ambiente, como se sentisse, lá no fundo, que algo não estava bem. Ao lado de seu autoreiv particular, Iggy, Real começa a conhecer um pouco mais sobre a verdadeira face da existência humana em Romdo, a manipulação de informações, e o surgimento de um imigrante chamado Vincent Law pode mudar não apenas a vida de Real, mas do planeta como um todo. Vincent é uma pessoa apagada que precisa se tornar um bom cidadão, se socializar, o que se torna mais grave em função de seu status de imigrante, classe discriminada e considerada inferior dentro de Romdo.[/SIZE][/FONT]

Ele tem dois assistentes robóticos, Deleuze e Guattari, que informa mais detalhes sobre os incidentes ocorridos na cidade. Eles percebem alguns ataques relacionados a uma pessoa especificamente, Vincent Law, um imigrante da antiga cúpula de Moscou que após uma catástrofe ainda desconhecida veio para Romdo e trabalha para o governo, com a função de caçar e inutilizar robôs infectados.


Re-l decide fazer uma aproximação com Vincent law, mas ele acaba fugindo e mais tarde perseguido por aquela criatura que atacara Re-l na noite anterior.
Vincent ao não ver escapatória adentra num Shopping e causa um tremendo alvoroço ao ter uma criatura demasiadamente perigosa o seguindo, ao correr ele esbarra em Pino, uma autoreiv em forma de criança que é subordinada a Raul Creed (chefe do Escritório de Segurança dos Cidadãos. Ele é encarregado de encobrir o Proxy, e reporta informações diretamente ao regente) e sua esposa para fazer companhia ao seu filho recém nascido.
Ao passar por Pino a criatura mata a mãe da criança e deixa o carrinho de bebê cair sobre as escadas rolantes. Vincent ao olhar para trás vê Pino ajoelhada em uma posição semelhante a uma reza olhando para o alto.


Após estudado alguns fatos, Re-l percebe uma “rota de fuga” dos autoreivs infectados e decide persuadir Vincent, que havia escapado daquele incidente, a procurar alguma coisa que estivesse relacionada a essa rota com o vírus.


Ao seguirem essa rota, são novamente atacados por autoreivs infectados e também por aquela criatura, ocorrem diversas batalhas no jogo, e Vincent, agora junto com Pino, que passou a segui-lo pois não havia mais ninguém com que estar vão para um beco sem saída e ativam uma alavanca que abre uma passagem para fora de Romdo, os dois saem e Re-l tenta pará-los mas Pino aciona novamente a alavanca e fecha a passagem. Os dois caem em direção ao vazio fora da cidade, um mundo totalmente desolado e sem vida.


Re-l vê-se necessária a conversa com seu avô, Donov Mayer que é o regente de Romdo, Ele fala através das vozes de 4 representantes (O coletivo), nomeados em homenagem a filósofos famosos: Derrida, Lacan, Husserl e Berkeley. Esses representantes aparecem como estátuas de Michelangelo, para um melhor esclarecimento de tudo que estava acontecendo.


Com o intuito de esconder os fatos, eles acolhem as perguntas de Re-l mas contradizem tudo e dizem que já tomaram as decisões necessárias.


Re-l percebe a indiferença do conselho perante suas acusações e se revolta, trazendo assim a retirada de seu cargo, ela sai de lá e novamente procura Daedalus, que com uma destração ela consegue entrar no sistema e procurar sobre o “Proxy” e pelo “Cogito” e vê que absolutamente todas as informações foram recentemente apagadas.


Ela começa a planejar a busca por Vincent fora de Romdo, e planeja com Iggy, seu autoreiv subordinado, mas com as reações dele ela percebe que ele está sendo monitorado pelo governo.


Daí em diante ela sai de Romdo em direção a antiga cúpula de Moscou para achar alguma resposta ou vestígio de Vincent. Após uma incessante busca ela o encontra em uma outra cúpula chamada Drenna, e retorna com ele e Pino para Romdo. Ao chegar na cidade eles percebem-na totalmente deserta e são novamente atacados por Autoreivs locais, que contraíram um novo tipo de vírus, chamado Paura, combinado com o efeito do cogito causa extrema hostilidade aos humanos


Agora, diante disso eles procuram na cidade de Romdo uma explicação de tudo, desde a criação das pessoas até uma criatura chamada “Proxy”.